ООО «ЛУКОЙЛ-Пермнефтепродукт» имеет следующую структуру:
- Центральный аппарат управления, в подчинении которого 5 нефтебаз и 121 АЗС на территории Перми и Пермского края;
- Региональное управление по Кировской области, включающее в себя 2 нефтебазы и 49 АЗС в Кирове и Кировской области;
- Региональное управление по Свердловской области, имеющее в составе 2 нефтебазы и 62 АЗС в Екатеринбурге и Свердловской области. В том числе новейшая нефтебаза №450 (включающая склад фасованных нефтепродуктов), с полной автоматизацией процессов приёма, хранения и отпуска нефтепродуктов;
- Региональное управление по Удмуртской Республике, включающее в себя 2 нефтебазы и 69 АЗС в Ижевске и Удмуртской Республике.